Předložená skripta jsou věnována převážně základním biologickým metodám používaným při ekologickém hodnocení biotopů, při posuzování účinnosti procesů a technologií ve vodárenské a čistírenské praxi. Studijní opory jsou zpracovány tak, že propojují poznatky z oborů mikrobiologie (kultivace, molekulární biologie), hydrobiologie (mikroskopie), technologií a následně i praxe (ekotoxikologické hodnocení, audity, monitoring). Do skript byly zařazeny kapitoly postihující bioindikační vlastnosti mikroorganismů při ekologickém posuzování biotopů dle Rámcové směrnice 2000/60/ES, během procesu úpravy vody, v pitných vodách a v distribučních sítích, v odpadních vodách, při hodnocení znečištění, v chladicích systémech a v neposlední řadě i metody studia organismů. Student by měl mít všeobecný přehled o tom, jak postupovat např. při monitoringu jakéhokoliv biotopu a jakéhokoliv technologického procesu (kde má smysl o biologické indikaci hovořit). Zpracované studijní opory je možné využít i na jiných úrovních vzdělávání, např. pro potřeby výuky na středních školách přírodovědného směru (pomůcka pro pedagogy i studenty), v rámci popularizace oboru veřejnosti (univerzita třetího věku, vzdělávací kurzy, doškolování) a spolupráce s jinými vysokými školami.